В 1356 году настоящий владелец замка король Давид II освобождается из заключения, проведя 10 лет в Англии. Он возвращается в Шотландию т сразу же приступает к восстановлению Эдинбургского замка. Стройка начинается с башни L-образной формы на восточном склоне.
Эта башня имела в высоту 30 метров, но до настоящего времени сохранились лишь части внешней стены и остаток первого этажа. Затем начинают строиться в дополнение к жилым помещениям новые палаты, получившие название Больших Палат Якова I.
В 1460 году на престол садится Яков III, и во время его правления столицей Шотландского королевства становится Эдинбург. Изменения касаются и Эдинбургского замка, меняется его планировка. Самой значимой частью замка становится его внутренний двор, имеющий прямоугольную форму и получивший название Пэлэс Ярд. Сегодня его именуют Площадью короны. Все остальные королевские здания размещаются вокруг этого центрального двора.
Тот дворец, что был раньше , теперь располагается вместе с церковью Святой Марии вдоль севрной и восточной стороны. А вдоль противоположной западной стороны начинается строительство арсенала, сохранившегося и доныне. Сегодня в нем демонстрируется артилолерийское оружие разных времен.